খালিদ শেখ মোহাম্মদের বিরুদ্ধে অভিযোগ, বাণিজ্যিক উড়োজাহাজ চালানোর জন্য পাইলটদের প্রশিক্ষণ দিয়ে সেগুলো নিয়ে হামলার পরিকল্পনা তিনিই করেছিলেন।